В 2001 году в российском футболе появился Турнир дублирующих составов команд Премьер-Лиги (сейчас называется Молодежное первенство), и боссы московского «Спартака» перевели дубль из Второго дивизиона в новообразованный турнир.
Через 12 лет у «красно-белых» вновь образовалась вторая команда в профессиональном футболе. Перебраться на новую ступень в первом сезоне «Спартаку-2» не удалось. Тогда клуб «переехал» из дивизиона «Центр» в «Запад» и сходу выиграл первенство, опередив «Зенит-2» на 9 очков.
Первые два сезона в ФНЛ «красно-белые» завершили на 5-м и 6-м местах соответственно, а в двух следующих оказывались на 14-м. Прошлый розыгрыш «Спартак-2» закончил в зоне вылета, но остался в лиге по решению Исполкома РФС.
Сезон 2020/2021 «Спартак-2» начал резво: к 5-му туру собрал 13 очков и забрался на вершину таблицы. Поражения от «Краснодара-2» (1:2) и «Балтики» (0:2) потеснили москвичей с первого места, но последовавшая серия побед удержала команду в тройке.
В 14-м туре «Спартак-2» принимал «Чайку», которая к тому времени находилась на 10-м месте. В конце первого тайма Чочиев замкнул прострел Гогличидзе, а в середине второго с передачи Глушкова забил Кулик. На 76-й минуте судья за небольшую стычку в штрафной судья показал вторые желтые Карташову и Игнатову. В формате 10х10 «красно-белым» удалось отыграть один мяч, а «Чайка» увезла победу из очень сложного выезда.
«Ребята молодцы: при счете 2:0 не опустили руки, продолжали дальше играть. Единственное, жалко, что потеряли Игнатова перед такими играми, которые нас ждут. Ничего страшного. Для молодых ребят это хороший урок. Будем смотреть, как они будут готовы его преодолеть», – сказал после игры главный тренер москвичей Роман Пилипчук.
После этого «Спартак-2» стремительно полетел вниз. За двенадцать туров команда выиграла лишь один раз – 2:1 у тонущего «Шинника». А в последнем матче минувшего года остались в меньшинстве на 18-й минуте и влетели 0:7 «Краснодару-2», повторив антирекорд ФНЛ.
Зимой из аренды в «Фламенго» (в 2020-м клуб из Рио-де-Жанейро выиграл Чемпионат Бразилии) вернулся форвард Педро Роша, которого в 2017-м «Спартак» приобрел за 12 миллионов евро. Доменико Тедеско не рассчитывает на бразильца, поэтому его отправили во вторую команду. Таким образом, Педро Роша стал первым чемпионом Бразилии и обладателем Кубка Либертадорес в Лучшей лиге мира.
Однако, ни это усиление, ни смена тренера (через три тура после зимней паузы Роман Пилипчук был отправлен в отставку) пока не принесли результата. В предыдущем туре «Спартак-2» сыграл вничью с «Текстильщиком» и теперь едет в Песчанокопское с 12-матчевой серией без побед. «Конечно, команда очень хотела выиграть. Победа нам сейчас бы очень помогла. Игра, которую команда показала сегодня, обнадеживает. Понятно, что непросто перестраиваться по ходу сезона, но что-то уже получается», – сказал после матча наставник «красно-белых» Евгений Бушманов.