Сезон 2016-2017
ФОНБЕТ-Первенство ПФЛ 2016/2017
| М | В | Н | П | Заб. | Проп. | О | |
| 1 | «Ротор» | 30 | 21 | 4 | 5 | 66 | 24 | 67 |
| 2 | «Афипс» | 30 | 19 | 5 | 6 | 42 | 24 | 62 |
| 3 | «Армавир» | 30 | 18 | 8 | 4 | 44 | 18 | 62 |
| 4 | «Чайка» | 30 | 14 | 10 | 6 | 44 | 25 | 52 |
| 5 | «Черноморец» | 30 | 15 | 5 | 10 | 37 | 21 | 50 |
| 6 | «Краснодар-2» | 30 | 15 | 5 | 10 | 47 | 28 | 50 |
| 7 | «Сочи» | 30 | 13 | 9 | 8 | 44 | 32 | 48 |
| 8 | «СКА Ростов» | 30 | 10 | 10 | 10 | 31 | 33 | 40 |
| 9 | «Дружба» | 30 | 11 | 5 | 14 | 36 | 45 | 38 |
| 10 | «Алания» | 30 | 10 | 7 | 13 | 26 | 36 | 37 |
| 11 | «Биолог» | 30 | 10 | 4 | 16 | 26 | 44 | 34 |
| 12 | «Динамо» | 30 | 8 | 5 | 17 | 23 | 42 | 29 |
| 13 | «Ангушт» | 30 | 6 | 9 | 15 | 18 | 32 | 27 |
| 14 | «Машук-КМВ» | 30 | 7 | 5 | 18 | 30 | 54 | 26 |
| 15 | «Легион-Динамо» | 30 | 6 | 6 | 18 | 22 | 52 | 24 |
| 16 | «Кубань-2» | 30 | 6 | 5 | 19 | 22 | 48 | 23 |
Сезон 2016/2017 стал дебютным для «Чайки» в профессиональном футболе.
На должность главного тренера команды был приглашен Альберт Борзенков, а состав команды обновился на половину. Один из новичков – полузащитник Эдуард Лусикян – стал автором первого гола «Чайки» в профессиональном футболе. На 57-й минуте матча против «Сочи» Лусикян реализовал пенальти и вывел «Чайку» в 1/64 финала Кубка России.
Первую победу в Профессиональной Футбольной Лиге «Чайка» одержала в 5-м туре. В гостях был обыгран «Армавир» со счетом 2:0. Дублем отличился Максим Обозный.
К зимнему перерыву «Чайка» подошла в середине таблицы, Альберт Борзенков был отправлен в отставку. Его заменил Валерий Бурлаченко. Под его руководством команда выдала мощную концовку сезона, уверенно обыграла будущего победителя первенства – волгоградский «Ротор» – и завершила свой первый профессиональный сезон на 4-м месте.
16.07.2016 | Кубок России | «Сочи» – «Чайка» | 0:1
24.07.2016 | Кубок России | «Чайка» – «Черноморец» | 0:1
28.07.2016 | ПФЛ | «Биолог» – «Чайка» | 2:0
04.08.2016 | ПФЛ | «Чайка» – «Дружба» | 2:2
12.08.2016 | ПФЛ | «Краснодар-2» – «Чайка» | 1:1
19.08.2016 | ПФЛ | «Чайка» – «Сочи» | 2:2
26.08.2016 | ПФЛ | «Армавир» – «Чайка» | 0:2
02.09.2016 | ПФЛ | «Кубань-2» – «Чайка» | 2:2
09.09.2016 | ПФЛ | «Чайка» – «Ангушт» | 1:1
17.09.2016 | ПФЛ | «Легион-Динамо» – «Чайка» | 1:2
25.09.2016 | ПФЛ | «Чайка» – «Динамо» Ставрополь | 3:0
02.10.2016 | ПФЛ | «Машук-КМВ» – «Чайка» | 0:1
08.10.2016 | ПФЛ | «Чайка» – «Алания» | 1:0
16.10.2016 | ПФЛ | «Ротор» – «Чайка» | 0:3
23.10.2016 | ПФЛ | «Чайка» – «Черноморец» | 0:0
30.10.2016 | ПФЛ | СКА Ростов – «Чайка» | 1:0
06.11.2016 | ПФЛ | «Афипс» – «Чайка» | 2:1
13.11.2016 | ПФЛ | «Дружба» – «Чайка» | 1:0
12.03.2017 | ПФЛ | «Сочи» – «Чайка» | 1:0
19.03.2017 | ПФЛ | «Чайка» – «Армавир» | 0:0
27.03.2017 | ПФЛ | «Чайка» – «Кубань-2» | 2:0
02.04.2017 | ПФЛ | «Ангушт» – «Чайка» | 0:1
05.04.2017 | ПФЛ | «Чайка» – «Краснодар-2» | 2:0
09.04.2017 | ПФЛ | «Чайка» – «Легион-Динамо» | 1:0
17.04.2017 | ПФЛ | «Динамо Ставрополь» – «Чайка» | 0:2
23.04.2017 | ПФЛ | «Чайка» – «Машук-КМВ» | 3:1
30.04.2017 | ПФЛ | «Алания» – «Чайка» | 3:1
07.05.2017 | ПФЛ | «Чайка» – «Ротор» | 0:2
14.05.2017 | ПФЛ | «Черноморец» – «Чайка» | 1:1
20.05.2017 | ПФЛ | «Чайка» – СКА Ростов| 2:2
28.05.2017 | ПФЛ | «Чайка» – «Афипс» | 1:1
04.06.2017 | ПФЛ | «Чайка» – «Биолог» | 5:1
Партнёры ФНЛ
Партнёры ФК «Чайка»
